Alguns distritos de Maragojipe não têm a sua data de criação bem definidas. Os distritos de Nagé e Capanema (atual Guaí) são quase da mesma idade do da sede, criados na primeira metade do Sec. XVII. O distrito de Nagé chegou até a ser Freguesia com vigário e tudo. O distrito de Capanema, como era chamado o distrito de Guaí, foi restaurado em 1853 depois de ter sido extinto pela Resolução 43 de 27/04/1846. O distrito de Paz de São Roque foi criado em 20/07/1881 e não se instalou, pois, em 10/09/1898 a sede do Distrito de Capanema passou para o arraial de São Roque. Tal mudança não perdurou tendo a sede distrital de Capanema (atual Guaí) voltado à sua localização anterior. Somente em 1933 ocasião em que foi feita nova divisão administrativa no Brasil, criou-se em definitivo o distrito de Paz de São Roque, agora denominado de São Roque do Paraguaçu, desmembrado do de Capanema, que passou a ser denominado de Guaí.
O distrito de Nagé foi abolido em 1850 e restaurado no ano de 1864. O distrito de Guapira, inicialmente denominado de Caveiras, foi criado em 21 de abril de 1871, sendo extinto alguns anos depois e por fim restaurado em 1º/06/18880 pela resolução 1935.
O distrito de Coqueiro do Paraguaçu foi criado a partir de 17/07/1893 tendo sido elevado a distrito de Paz em 13/08/1926, desmembrado de Nagé em conformidade com a lei 1922. O distrito de Coqueiro foi criado inicialmente em 1893, como distrito policial com a denominação de Coqueiro, no singular, diferente da atual denominação que é Coqueiros.
Atualmente o município de Maragojipe tem os seguintes distritos:
Sede, Nagé, Coqueiros, Guapira, Guaí e São Roque do Paraguaçu.